Der mysteriöse Junge, der ihr wie ein Bruder ähnelt und die Steuerung des EVA-02 übernommen hat, konnte Rei nicht davor bewahren, in die Hände des Feindes zu fallen. Unbarmherzig dringt der Gegner in die Psyche der Pilotin ein. Erwartet sie nun das gleiche Schicksal wie Asuka? Wer sind sie und das vom Komitee gesandte Fifth Children wirklich? In seinem Bemühen, sich über seine Gefühle für Ayanami klar zu werden, kommt Shinji schließlich einem furchtbaren Geheimnis auf die Spur.