Nachdem EVA-01 sich in einer scheinbar auswegslosen Situation verselbstständigte, ist Shinji in dessen Inneren gefangen... Während er sich dort auf eine Reise zu seinen eigenen Wurzeln macht, befallen Misato immer stärkere Zweifel an NERV. Welches sind die wahren Zielen der Organisation? Lediglich ihr Exfreund Kaji scheint mehr zu wissen über die dubiosen Verstrickungen von NERV in die Katastrophe des »Second Impact«. Ein gefährliches Wissen...