Auf der Suche nach ihrer Freundin Lou macht sich Alita gemeinsam mit Professor Nova auf den gefahrvollen Weg in die Weltraumstadt Jeru. Kaum dort angelangt, gerät Alita zwischen alle Fronten und wird im Kampf gegen den übermächtigen »Trinidad« lebensgefährlich verletzt. Gemeinsam mit dem Zyniker und ehemaligen Untergrundkämpfer Pingu erklärt Alita dem Menschen verachtenden Regime von Jeru den Krieg. Ein irrwitziger Plan...