Nagate Tanikaze wächst in dem Glauben auf, der einzige Mensch an Bord der Raumstation Sidonia zu sein, die nach der Zerstörung der Erde zur Zuflucht der Menschheit wurde. Doch dann erkennt er, dass die Wahrheit anders aussieht und er berufen ist, Mecha-Pilot zu werden …
"Mein Name ist Nagate Tanikaze. Der Ort, an dem ich aufwuchs, war das unterste Deck des gigantischen Raumschiffs Sidonia! Auf ihrem Weg durchs All habe ich nun die Chance, als Kampfpilot das Überleben der Menschheit zu sichern!"