Das Phönix-Projekt ist beinahe vollendet und der Konflikt zwischen der Bruderschaft der Assassinen und dem Orden der Templer erreicht einen neuen Höhepunkt. Die Assassinin Charlotte Cruz und ihre Verbündeten – darunter bekannte Charaktere der Games wie Juhani Otso Berg, Kiyoshi Takakura und Arend Schut – müssen alles aufs Spiel setzen, um die Unterwerfung der gesamten Menschheit unter die Tyrannei der Templer zu verhindern. Doch auch ihre Widersacher stehen von Problemen, und der berüchtigte Templer Black Cross wird ausgesandt, um Unstimmigkeiten beim Phönix-Projekt zu untersuchen.